برآورد اندازۀ مؤثر جمعیت در گاو سرابی بر اساس نشانگرهای چندشکل تک نوکلئوتیدی
Authors
abstract
این مطالعه با هدف برآورد اندازۀ مؤثر تعداد افراد در حال جفت گیری در جمعیت گاو سرابی با روش هتروزیگوسیتی اضافی و بر پایۀ استفاده از نشانگرهای متراکم چندشکل تک نوکلئوتیدی انجام گرفت. بدین منظور از 20 رأس گاو سرابی نمونه برداری شد. تعیین ژنوتیپ نمونه ها با چیپ illumina high-density bovine beadchip شامل 777962 جایگاه snp صورت گرفت. متوسط هتروزیگوسیتی مورد انتظار، متوسط هتروزیگوسیتی مشاهده شده، متوسط فراوانی آلل های نادر و درصد آلل های در حالت عدم تعادل هاردی-وینبرگ در مجموعۀ داده ها برآورد شد. اندازۀ مؤثر تعداد افراد در حال جفت گیری بر اساس روش هتروزیگوسیتی اضافی و به کمک نرم افزار neestimator (v2) به ازای هریک از کروموزوم ها جداگانه برآورد شد. متوسط اندازۀ مؤثر برآوردشده، 28 فرد بود و متوسط فاصلۀ اطمینان 95% برای این برآوردها 3/17 تا 2/40 به دست آمد. نتایج مطالعه نشان داد که گاو بومی سرابی در معرض خطر جدی انقراض قرار دارد و تدوین برنامه هایی برای حفاظت از گاوهای خالص باقی مانده ضروری است.
similar resources
برآورد اندازۀ مؤثر جمعیت در گاو سرابی بر اساس نشانگرهای چندشکل تکنوکلئوتیدی
این مطالعه با هدف برآورد اندازۀ مؤثر تعداد افراد در حال جفتگیری در جمعیت گاو سرابی با روش هتروزیگوسیتی اضافی و بر پایۀ استفاده از نشانگرهای متراکم چندشکل تکنوکلئوتیدی انجام گرفت. بدین منظور از 20 رأس گاو سرابی نمونهبرداری شد. تعیین ژنوتیپ نمونهها با چیپ Illumina High-density Bovine BeadChip شامل 777962 جایگاه SNP صورت گرفت. متوسط هتروزیگوسیتی مورد انتظار، متوسط هتروزیگوسیتی مشاهدهشده، متوس...
full textآنالیز ساختار ژنتیکی جمعیت گاوهای بومی ایران با استفاده از نشانگرهای متراکم چندشکل تک نوکلئوتیدی
این تحقیق با هدف بررسی ساختار ژنتیکی گاوهای بومی بر اساس استفاده از نشانگرهای چندشکل تکنوکلئوتیدی انجام شد. بدین منظور تعداد 90 راس گاو از نژادهای سرابی (20)، کردی (10)، مازندرانی (10)، تالشی (10)، سیستانی (10)، کرمانی (10)، نجدی (10) و توده بومی فارس (10) مورد نمونهبرداری قرار گرفتند. تعیین ژنوتیپ نمونهها با استفاده از چیپ Illumina High density Bovine BeadChip با تراکم 777962 جایگاه انجام ش...
full textآنالیز ساختار ژنتیکی جمعیت گاوهای بومی ایران با استفاده از نشانگرهای متراکم چندشکل تک نوکلئوتیدی
این تحقیق با هدف بررسی ساختار ژنتیکی گاوهای بومی بر اساس استفاده از نشانگرهای چندشکل تکنوکلئوتیدی انجام شد. بدین منظور تعداد 90 راس گاو از نژادهای سرابی (20)، کردی (10)، مازندرانی (10)، تالشی (10)، سیستانی (10)، کرمانی (10)، نجدی (10) و توده بومی فارس (10) مورد نمونهبرداری قرار گرفتند. تعیین ژنوتیپ نمونهها با استفاده از چیپ illumina high density bovine beadchip با تراکم 777962 جایگاه انجام ش...
full textشناسایی نشانگرهای چندشکل ریزماهواره در چغندرقند
به منظور شناسایی نشانگرهای SSR و EST-SSR در چغندر قند، مجموعا 2884 توالی EST و همچنین توالی ژن FLC-Like، یکی از ژنهای کلیدی کنترل کننده گلدهی در چغندر، از پایگاه NCBI استخراج شد. بعد از انجام سرهمبندی توالیها و ساخت توالیهای غیر تکراری، همه کانتیگها به منظور شناسایی SSRsهای دو تا شش نوکلئوتیدی مورد جستجو قرار گرفتند. سپس طراحی آغازگرهای اختصاصی از نواحی حفاظت شده اطراف این SSRها انجام شد. ت...
full textمطالعه عدم تعادل پیوستگی و شناسایی ساختار بلوکهای هاپلوتیپی در گاوهای سرابی
این مطالعه به منظور محاسبه الگوی عدم تعادل پیوستگی و تعیین ساختار بلوکهای هاپلوتیپی برای 93 رأس گاو نژاد سرابی با استفاده از اطلاعات نشانگرهای SNP حاصل از CHIP 40k SNP- شرکت ایلومینا انجام شد. بعد از تعیین ژنوتیپ و کنترل کیفیت دادههای ژنومی، 27386 SNP روی کروموزومهای اتوزومی جهت آنالیز های بعدی مورد استفاده قرار گرفت. عدم تعادل پیوستگی با استفاده از دو آماره r2 و 'D اندازهگیری شد. در این مط...
full textبرآورد اجزای واریانس وزن بدن گوسفند مرینوس در تولد و شیرگیری با استفاده از نشانگرهای تک نوکلئوتیدی و دو رویکرد حداکثر درستنمایی محدود شده و بیزی
مقدمه: برآورد دقیق اجزای واریانس ژنتیکی و غیر ژنتیکی با اطلاعات شجرهای و ژنومی، از ملزومات پیشبینی صحیح ارزشهای اصلاحی میباشد. دسترسی به آرایههای چندشکلی تکنوکلئوتیدی (SNP) با تراکم بالا و افزایش تعداد حیوانات با اطلاعات ژنوتیپی، دقت و صحت برآوردهای مبتنی بر جمعیت را افزایش میدهد. انتخاب ژنومی بهطور بالقوهای قادر است بیشتر واریانس ژنتیکی را توسط نشانگرها توجیه نماید. هدف از مطالعه حاضر...
full textMy Resources
Save resource for easier access later
Journal title:
علوم دامی ایرانPublisher: پردیس کشاورزی و منابع طبیعی دانشگاه تهران
ISSN 2008-4773
volume 46
issue 3 2015
Hosted on Doprax cloud platform doprax.com
copyright © 2015-2023